很多货主在出口冷藏（冻）货物装箱时，喜欢将集装箱预冷至设定温度，这种做法其实是不科学的，对货物和集装箱都有可能带来负面影响，从而不能保证高品质的集装箱冷藏（冻）运输。原因是，如果装货前预冷过集装箱，那么在打开柜门准备装货时，外界高温度、高湿度的空气将会大量地进入柜内与低湿度、低温度的空气汇合，这会使得大量的水珠凝结在集装箱内壁上，这些水珠不仅会滴到货物的外包装上从而影响外包装的美观，而且会影响集装箱制冷系统的运作，从而有可能对货物品质带来不利影响。因为这些冷凝出来的水份必须由集装箱制冷系统中的蒸发器来排除，而这些冷凝出来的水份经过蒸发器盘管时就会结冰、这将使得制冷系统进行一次短暂的除霜过程。另一方面，蒸发器还必须除去以下三部分热量：装货时通过柜门而直接进入柜内的热量；穿过柜壁而透进柜内的热量；鲜货活货因新陈代谢而不断产生的热量。可以想象，如果冷藏集装箱需要除去额外热量和湿度越多，那么主要应用来冷却货物本身的制冷量就会越少。