办理投标保函的流程相对严谨，但每一步都至关重要。以下是具体的办理步骤：
1、准备资料：
招标文件资料：包括招标公告、招标文件等。
基础交易合同资料及履约记录：提供公司对同类项目的履约记录，以证明公司的履约能力和信誉。
常规授信资料：如营业执照、法人代码证书、税务登记证、财务报表、公司决议等，这些资料是银行评估申请人资质的重要依据。
保函格式：通常招标文件中会提供要求的保函格式文本，申请人需按照要求填写。
2、填写申请：
申请人需填写《保函申请书》，并附上上述所有准备好的资料。
3、银行审查：
银行将对申请人的申请内容进行审查，包括资质、信用状况、履约能力等。
4、签订协议：
审查通过后，银行与申请人签订协议，明确双方的权利和义务。申请人需按照协议要求提供相应的担保措施。
5、开立保函：
银行根据协议内容，为申请人开立投标保函。保函的有效期一般不超过六个月，从开出之日起生效。
6、提交保函：
申请人将开立好的投标保函随同投标文件一并提交给招标人。
预付款保函和履约保函的区别：
1、担保的期限时间不同
履约保函一般是在签订合同前要求出具。简而言之是为了防止施工单位或供货商不按合同约定履行义务。担保的时间往往要贯穿整个项目，比较长。预付款保函一般是在业主方拨付预付款前要求出具。其实为了防止施工单位或供货商未按照要求合理使用预付款或者未按时开工等情况。担保的时间往往不长，大部分的项目一般为1-3个月，具体以施工合同约定为准。
2、用途不同
预付款保函用于确保预付款的支付，而履约保函用于确保合同履行。
3、失效时间不同
预付款保函在预付款抵扣完毕后失效，而履约保函在合同期履行完毕后失效。
如何理解保函的直开、转开？
1、保函直开：即所谓“直接担保”，是指担保银行应和同一方当事人申请，向合同另一方开立以其为受益人的保函，并凭此直接向受益人承担支付责任的保函开立方式。
2、保函转开：又称“间接担保”，是指申请人所在地银行应客户要求，根据标书或有关合同的有关规定以及受益人所在地惯常做法及法律要求，以提供反担保的形式来委托另一家银行（通常为受益人所在地银行）代其出具保函，并由后者向受益人承担付款责任。
保函的直开、转开有什么区别？
1、办理流程
两种保函中，直开保函的办理流程为简单直接，因为所涉及银行只有一家。而转开保函，其办理过程中都不可避免的要与申请人所在地银行，即转开银行之间发生联系，流程环节的增加，自然令办理时间也相应增加。
2、办理费用
从费用支出方面比较，直开保函，转开保函所需较高。直开保函申请人只需支付担保银行的担保费即可，无需其他手续费。转开保函需要额外的手续费，转开保函的手续费涉及原开证行与转开两行，等于是双重付费，费用。