保函保证金是指针对银行保证函所支付的保证金。
保函(Letter of Guarantee, L/G)又称保证书，是指银行、保险公司、担保公司或个人应申请人的请求，向第三方开立的一种书面信用担保凭证。保证在申请人未能按双方协议履行起责任或义务时，由担保人代其履行一定金额、一定期限范围内的某种支付责任或经济赔偿责任。 保函即为保证书，为了方便，一般公司及银行都印有一定格式的保证书。其作用包括凭保函交付货物、凭保函签发清洁提单、凭保函倒签预借提单等。
经办人应与业务部门加强沟通，随时掌握企业投标、中标、合同谈判、签约及合同执行每一个环节的情况，熟悉标书及合同中有关银行保函的条款，弄清银行保函的具体要求，必备的担保内容及保函开具及送达后，受理人或受益人应确认的文件。
及时注销银行保函。
保函的保证金是银行或者担保公司对申请出具保函的人收取的保证金，此保证金主要是为了约束申请人的某些责任。同时对于在银行办理保函的相关流程也给大家进行了非常详细的介绍，正规情况下，保函的保证金的数额都不会太多的。
银行保函和信用证的区别是什么?
银行保函与信用证都是银行开立的，同属于银行信用，而且都被用于国际贸易中的货款支付，但两者有很大的区别，主要表现在：
1、银行付款责任不同
在信用证业务中，开证行承担性付款责任;在银行保函业务中，见索即付保函银行承担性付款责任，而有条件保函银行则承担第二性付款责任。
2、适用范围不同
信用证业务一般只适用于货物买卖，而银行保函除适用货物买卖外，更多的用于国际工程承包、投标招标、借款贷款等业务，因而适用范围更广。
3、对单据要求不同
信用证项下货运单据是付款的依据，单证不符银行可拒付，银行保函项下单据不是付款的依据，一般凭索赔书或其他文件付款。
4、能否融资不同
信用证项下受益人可通过议付取得资金融通，而银行保函项下单据不成为索汇的依据，也不能作抵押贷款，受益人不能取得资金融通。
5、与合同关系不同
信用证与合同是两个完全独立的契约;而出具有条件的保函的银行，当受益人以对方不履约，提交书面陈述或证明，要求银行履行赔偿诺言时，银行一般须证实不履约的情况，如果双方意见不一，保证银行就会被牵连到交易双方的合同纠纷中去。有的国家，如美国、日本等，法律禁止银行介入商事纠纷，故不允许银行开立银行保函。