医院设有冠心病中心、心律失常中心、急重症中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血压中心、临床药理中心、血脂异常与心血管病诊治中心、内分泌与心血管病诊治中心、血栓性疾病诊治中心、特需医疗中心、成人外科中心、血管外科中心、小儿外科中心、术后恢复中心、麻醉中心、体外循环中心、放射影像中心、超声影像中心、核医学影像中心、功能检测中心、临床检验中心等临床和医技科室。
阜外医院始建于1956年，2009年中央编办批复成立国家心血管病中心，正式形成“中心—医院”一体化格局。本部阜成门院区总用地规模5.53万平方米，总建筑面积15.7万平方米；门头沟西山院区总用地规模7.33万平方米，其中西山一期建筑面积3.7万平方米；西山二期项目建设正在加速推进，建筑面积5.62万平方米。
影响深远的国际交流
阜外医院立足“国际”心血管病医院建设，积极推进高水平、多层次国际合作。持续保持与加强同国际医学机构合作，组织参加或开展多项国际多中心临床研究。围绕服务“一带一路”战略，与沿线多个国家心血管医院签署合作协议，开展境内外发展中国家青年医生培养教育活动，推动“一带一路”沿线国家提高心血管病防治水平。积极扩大阜外品牌影响力，积极主办和引进高水平国际学术会议，中国心脏大会、中国血管大会等，吸引和邀请国际学者参会并发布国际研究成果。
国家区域医疗中心同质化建设
自2013年起，在国家卫生健康委及其他各部委、各司局及地方政府的大力支持下，阜外医院充分发挥作用，陆续输出建设云南省阜外心血管病医院（以下简称“云南阜外”）、阜外华中心血管病医院（以下简称“华中阜外”）和中国医学科学院阜外医院深圳医院（以下简称“深圳阜外”）三家区域医疗中心。以同质化发展为目标，利用“传帮带”模式推进医疗、教学、科研、预防、管理等各方面能力和水平的提升。