在几代人的共同努力下，北医三院已发展成为国内高水平的大型综合性医院，拥有二十个学科为国家临床重点专科建设项目（骨科、药剂科（临床药学）、病理科、专科护理、检验科、消化科、妇科、产科、职业病科、耳鼻喉科、心血管分子生物学与调节肽重点实验室、呼吸内科、神经内科、普通外科、泌尿外科、眼科、麻醉科、康复医学科、成形科（整形外科）、运动医学科），妇产科为国家妇产疾病临床医学研究中心，产科、康复医学科为国家产科专业、国家康复医学医疗质量管理和控制中心。
北医三院拥有18个北京市住院医师规范化培训专业基地、2个国家卫生健康委员会专科医师规范化培训基地、2个北京市住院医师规范化培训技能考核中心。作为北京大学临床医学院，每年有近800名医学生、350余名博士生、硕士生在此学习。同时，还承担着1500余名进修医生和近400名北京市住院医师规范化培训任务。每年110个和北京市级继续教育项目吸引了全国各地1.1万名学员。
北医三院为完成单位，乔杰院士团队牵头的“配子胚胎发育研究与生育力改善新方法的应用”研究荣获2017年国家科技进步奖二等奖，“生殖细胞发育的表观遗传调控机制及体外干预方法研究”项目，荣获2018年中华医学科技一等奖；骨科刘忠军教授团队牵头的“3D打印钛合金骨科植入物的临床应用与关键技术研究”荣获2018年北京市科学技术奖一等奖。
胃镜检查过程
1、事前准备，检查前至少8小时不得进食，进水，食物在胃中易影响医师的诊断，并且易促发受检者恶心呕吐。为了减少喉咙的不适，医护人员会在检查前3分钟，在受检者喉头喷麻醉剂。
2、检查过程，先换上宽松衣物，采左侧卧姿，双腿微曲。当医师把胃镜由受检者口中所含的塑胶器伸入时，应全身放松，稍做吞咽动作，使胃镜顺利通过喉咙进入食道。在通过喉咙时会有数秒感觉疼痛，想呕吐，这是胃镜检查时较不舒服的时刻。
3、当医师在做诊断时，不要做吞咽动作，而应改由鼻子吸气，口中缓缓吐气，以便检查顺利完成。有些人会因空气随管子进入胃中，而感觉胀气，恶心。如果感觉疼痛不适，请向医护人员打个手势，千万别抓住管子或发出声音。
4、事后处理，检查后1至2小时内勿进食，若喉咙没有感觉不舒服，可先喝水；若无呛到，就可先进食软性食物，以免粗糙食物使食道或胃造成出血。有些人会有短暂的喉咙痛，异物感，通常1至2天就可恢复。