王永钧长期从事肾脏病临床及研究，对中医经典和历代名家学术思想颇有研究。
王永钧带领肾内科团队，创建了IgA肾病从虚、瘀、风湿辨治体系，提出IgA肾病五型辨证新方案 。王永钧将中西医融会贯通，总结出了慢性肾病临床演变规律，发展了肾脏病中医辩证理论，提出“风湿致肾病”学说和“肾脏微症积”的肾微观辩证法，完善肾脏病中医微观辨证体系，应用源自中华文化的“象思维”，结合“审病—辨证—治病/证”的临床思维方法，拓展了“四诊”视野 ，在此指导下形成了一套分阶段辩证的方案和系列组方，并在临床、科研与实践中得以运用。
王永钧从医六十多年，他的患者来自全国各地，有的已经跟随他看诊三十多年。在王永钧看来，肾病不可怕，只要规范就能长期生存。王永钧带领肾内科团队，创建了IgA肾病从虚、瘀、风湿辨治体系，提出IgA肾病五型辨证新方案。他博采众长，中西融会贯通，发表论文200多篇，主编、参编学术专著9部，领衔完成国家“十一五”科技支撑计划、国家科技部“八五”“十五”项目等多项重大课题，获得省部级奖励11项。王永钧致力于中医药事业的传承、创新和发展，培育人才无数，在中医肾病领域做出了巨大贡献。
在医院当徒弟的日子里，也让他逐渐对西医产生了浓厚的兴趣。那时候他的中医老师，懂点西医，会看X光片，这让他感到很好奇。后来就开始接触西医，并开始学习西医，而且还考上了当时的浙江医科大学函授班，开始学习中西医。
王永钧还主编编写了多部医学著作，《中医临床肾脏病学》、《中西医结合肾《中医临床内科学》、《肾病门诊》、《肾脏病医护养防》等。