科研项目
截至2021年8月，王永钧已领衔完成国家“十一五”科技支撑计划、国家科技部“八五”“十五”项目等多项重大课题。
发明专利
截至2021年8月，王永钧已获得国家发明专利2项。
人才培养
学科建设
王永钧创建了浙江省个肾脏病内科，该科现已发展为浙江省医学重点学科（肾脏专业）、国家中医药管理局重点专科。
指导学生
截至2022年7月，王永钧已指导培养出数十位肾病学科的领军人物，包括5位肾病专/学科带头人，4位国家名老中医专家学术指导老师，5位浙江省名中医，12位杭州市名中医。王永钧曾任浙江中医药大学硕士和博士生导师，已指导培养博士8名、硕士21名，培养继承人6名，他们中多人分别获得中国中西医结合特殊贡献奖，中国中西医结合青年贡献奖，全国百名杰出中医等。
28岁女患者林某，4个月前受凉后出现咽痛，后小便呈浓茶样，伴腰酸乏力，查尿蛋白+，两周前咽痛明显，曾予抗感染。4天前发热后再次出现茶色尿，医院检查病理提示IgA肾病，西药，尿色转清，但仍咽痛明显，遂求助于王永钧。王永钧给出中医治法养阴，清咽。开方14剂，加之西药同前，患者服用后咽痛如灼明显好转，继续服用中药14剂，加西药同前，患者未再有咽痛不适，加减方后调理一个月，复查尿蛋白-。
在医院当徒弟的日子里，也让他逐渐对西医产生了浓厚的兴趣。那时候他的中医老师，懂点西医，会看X光片，这让他感到很好奇。后来就开始接触西医，并开始学习西医，而且还考上了当时的浙江医科大学函授班，开始学习中西医。