曾学军教授在多项首发基金连续十年支持下开展大型综合医院与社区医疗机构合作模式的研究。2005年始主持《社区中老年人健康管理规范》的制订和推广，成为国家公共卫生规范项目之一，并于2015年成为国家推荐标准。
曾学军教授参与了国内目前所有关于痛风和高尿酸血症指南的制定工作， 2013 年牵头制定了《高尿酸血症社区管理规范草案》，2018年11月在中华全科医师杂志上发表修订版《高尿酸血症社区管理流程的专家建议》，2020年4月再次牵头制定《痛风及高尿酸血症基层诊疗指南》。
今天的北京协和医院风湿免疫科，是医疗、教学、科研齐头并进的科室典范，连续12年蝉联复旦版《中国医院专科声誉排行榜》风湿专科榜首，连续9年在《中国医院/中国医学院校科技量值（STEM）》风湿病学与自体免疫病学中排名第 一，是中国风湿病学领域当之无愧的“领头羊”。
北京协和医院风湿免疫科从建科时仅有3张病床的小科室发展到今天，协和风湿免疫科已拥有68张病床，年收治患者1500例次以上，年门诊量逾12万人次，不仅注重系统性红斑狼疮、干燥综合征、类风湿关节炎、强直性脊柱炎等常见风湿性疾病的规范诊治，更强调对少见风湿性疾病、风湿性疾病重要脏器损害以及风湿性疾病严重并发症的综合诊治，追求更精 确的诊断、更细致的评估、更有效的治 疗效果。