多年来，为方便病人，北京儿童医院始终坚持24小时接诊病人，同时开设晚间门诊。为继续深入推动公立医院医疗改革，医院积极推进预约挂号工作，优化服务流程，有针对性地解决了群众反映突出的“看病难、住院难”问题，受到国家卫计委的肯定和广大群众的认可。在完成日常医疗工作的同时，医院还承担了国家卫计委、北京市卫生局委派的手足口病防治、问题奶粉筛查、H7N9禽流感疫情筛查、抗震救灾支援、突发公共事件救援等医疗救治任务。多年来，医院以”以病人为中心，全心全意为儿童服务”为宗旨，大力弘扬“公慈勤和”院训精神，树立医德医风品牌，涌现出全国道德模范、“时代楷模”贾立群同志等杰出代表。
经过多年的经验积累，各种小儿泌尿生殖系疾病的诊断和达到国内、国际先进水平。其中泌尿生殖系畸形中尿道下裂个体化积累上万例经验，一期手术修复成功率达80%以上，且外形美观;先天性肾积水肾盂输尿管吻合手术成功率95%以上。泌尿生殖系肿瘤中各种肾脏肿瘤病理类型的诊治积累了丰富的临床经验，其中肾母细胞瘤经手术、化疗及放疗等一系列综合长期生存率90%以上;横纹肌肉瘤及睾丸肿瘤也取得满意效果。泌尿生殖系创伤中外伤性后尿道断裂急症经会阴入路一期手术修复后尿道，明显缩短病程、减少并发症，陈旧性外伤性后尿道狭窄与闭锁经会阴修复或会阴联合耻骨入路修复积累了丰富经验，肾脏外伤特别是肾盂输尿管交接部断裂的诊治达国际水平。神经性膀胱功能障碍：根据尿流动力学改变选择适当，清洁间歇导尿和可控性尿流改道在保护患儿肾功能前提下获得排尿控制、提高生活质量。熟练应用腹腔镜微创手术：用于肾盂输尿管连接部梗阻、气膀胱手术、重复肾半肾切除、触摸不到的隐睾、精索静脉曲张、肾切除、前列腺囊切除等，使损伤减小、病程缩短、早期恢复正常活动。
尿道下裂是小儿泌尿生殖系统常见的畸形之一，占北京儿童医院泌尿外科病房收治病人数量的1/3～1/2，每年住院手术1000人次以上，还不包括几位知名专家外出会诊手术的例数。北京儿童医院泌尿外科团队经过近50年、几代人努力，在尿道下裂上积累了丰富经验，在国内水平。是国内收治病人数量多的科室，尤其重度尿道下裂病例占很大比例。
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