2002年被国家人事部、卫生部、国家中医药管理局确定为“全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师”。编著出版了《历代名方精编》、《金匮方百家医案评议》、《古今奇效单方评议》、《金匮要略校注》、《中医必读》、《连建伟中医传薪录》等著作。并先后担任国家规划教材《方剂学》编委、副主编，主编,协编教材中药专业《方剂学》副主编，共发表专业论文80余篇。《金匮要略校注》获国家中医药管理局1992年度中医药科技进步二等奖。精于脉理，平脉辨证，擅长运用经方及后世各家医方，数方相合，化裁得宜，尤对内科脾胃病有丰富的经验。
治脾宜升，治胃宜降，相济为用
《素问，六微旨大论》云：“气之升降，天地之更用也……出入废则神机化灭，升降息则气立孤危，故非出入，则无以生长壮老已，非升降，则无以生长化收藏。是以升降出入，无器不有。”连老认为，气机之升降各有所主，与肝、胆、脾、肺、胃均有关。通过升降，脏腑各尽其职，气血津液得以敷布，废物糟粕及时排出，但以脾胃为升降之枢纽，正如东垣所云：“脾为太阴之脏，恶湿喜燥，燥则脾之清气上升，以煦心肺，心肺和煦则下济肝肾；胃属阳明之腑，恶燥喜润，润则胃之浊气下降，以濡肝肾，肝肾濡润则上滋心肺。”脾主运化，其性主升，清阳得以上达上窍；胃主受纳腐熟，其性主降，水谷入胃得以下行，是故《临证指南医案》云：“脾宜升则健，胃宜降则和。
若脾胃升降乖常，则出现“胃病者，腹顶胀，胃脘当心而痛，上支两胁，膈咽不通，食欲不下”（《灵枢·邪气脏腑病形篇》），或“清气在下，则生飧泄，浊气在上则生胀”（《素问·阴阳应象大论。连老认为，脾胃气弱，清气不升而反降为飧泄，当升脾；浊气不降，而反上逆，则生胀，为呕，为吐，为哕，为便团，当降胃。对脾虚小能运化水谷，精微不生，反生湿浊，而为泄泻者，老师治以健脾、化湿祛浊，如香砂六君、参苓白术、资生丸，或温中暖脾，如理中汤。若清阳不能上升而下陷浊气不能下降而上逆，清浊反常，症见脘腹胀满、大便不畅时，应升阳泄浊并举，使中阳升腾，浊阴方可下降，宜补中汤、升陷汤。六腑以通为用胃气以下行为顺，否则传化无由，壅滞为病。对胃失通降，浊气浊阴随之上逆，应通降镇逆，方选旋覆代赭汤、橘皮汤、橘皮竹茹汤，可根据寒热虚实灵活运用。对虚中夹实、寒热互结、痞塞难开者，宜辛开苦降，如半夏泻心汤、甘草泻心汤、生羡泻心汤等。连老强调，脾为阴脏，其用在阳，不升则阳无所用；胃为阳丽，其用在阴，不降则阴无所用。因此，治脾必知其欲升，治胃必知其欲降。察其阴阳，知其升降，明其补泄，才能抓住脾胃病的要点。
久病痼疾，络伤入血，化瘀
脾胃病多为饮食劳倦，或情志内伤，肝失疏泄，以致中焦气机阻滞，日久影响血络通畅，而致络脉瘀阻。亦有疾病迁延日久，气血津液亏虚，无以荣养血脉，络脉涩滞而致瘀血内停，或阴虚燥热，耗伤阴血，又灼伤血络，血溢于外，留而成瘀。是故《临证指南医案》云，“初病在气，久必入血”，“胃痛久而屡发，必有凝痰聚瘀”。
气滞与瘀血互为因果，互为影响。气滞日久，必有血瘀，瘀血留而不化，则气滞更甚，导致病势缠绵，难以根治。连老慢性胃病时，尤为注重化瘀。因气滞而血瘀者，往往在药中酌加化瘀之药，常用枳壳、佛手、丹参、郁金、红花、桃仁、川芎等，以促进气血运行，消散胃络瘀血，使营血流畅，瘀消络通。因气虚而血瘀者，常用补中汤健脾，升降气机，佐以丹参、白檀香、降香、延胡索等兼调气血，达到气旺则血行，血行则瘀散。连老善用丹参，取其破宿瘀而生新血，功同四物，既可又可养血。如用丹参饮，可除心胃诸痛。对于胃火亢盛灼伤血络致瘀血者，可用丹皮、丹参、赤芍等凉血、、散瘀；对于阴虚津伤之证，可用北沙参、麦门冬、当归、丹参、三七、白及等以养阴和血、消肿生肌。现代医学表明，化瘀药不但有止痛作用，还可改善胃黏膜的血液循环，消除炎症细胞浸润，促进病灶恢复，防止组织异型增生。
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科研成果
发表专业论文80余篇，研究的科研项目有：“小半夏汤防治化疗呕吐作用实验研究”、“中医肾脏理论发生学研究”、“疏肝利湿法对利福平所致肝损伤的保护作用”、“抗结核药诱导肝损伤大鼠模型的研制”等，其中：《金匱要略校注》获国家中医药管理局1992年度中医药科技进步二等奖，“中医肾脏理论发生学研究”获2001年省中医药管理局科技进步二等奖，“课程建设标准及评估指标体系的研究与实践”获得2003年省教育科委“九五”规划重大研究成果二等奖，《三订通俗伤寒论》获得2004年中华中医药学会科技奖学术著作奖，“小半夏防治化疗呕吐作用实验研究”获浙江省教育厅科技进步三等奖。