履约保证金必须游离在工程造价之外，只作为中标方违约时招标方损失的补偿，招标人必须是具备招标能力的法人，其建设资金已经到位，不能把履约保证金作为工程造价的补充。因此，履约保证金具有独立性，必须由双方认可的机构负责收缴、储存、执行和返还。
履约保证金一般来自承包方的流动资金，在施工前付给发包方。质量保证金是发包方与承包方在建设工程承包合同中约定或承包方在工程保修书中承诺，在工程竣工验收交付使用后，从应付的建设工程款中预留的用以维修工程在保修期限和保修范围内出现的质量缺陷的资金。
商业保函的费用相对于银行办函要便宜很多，有的可能低于50%以上。这对于建筑企业来说，相对还是比较节约成本的。银行保函是由银行直接出具的，属于银行信用，而商业保函是由专业的担保机构或商业机构出具的，属于商业信用。
加工贸易税款保付保函是指在申请人的来料加工、来件装配、来样生产及进料等加工业务项下，银行担保申请人在海关享受免税进口复出口待遇的担保。它是专门针对，需要向海关缴纳关税及其他税费保证金的加工贸易企业（包括来料加工企业和三资企业），而开办的一项手续便捷、费用低廉的特色业务。简而言之，就是以银行担保函来替代实存保证金。