保证贷款合同纠纷应当按照《担保法》及相关法律法规、司法解释处理。
(1)关于主体问题。保证贷款合同签订时应当特别注意保证人的资格问题，担保法第7条、第8条、第9条、第10条专门规定了哪些人可以作保证人，哪些人不可以作保证人。一般而言，具有社会公益性质的主体及不能独立承担民事责任的主体不得担任保证人。
(2)保证合同的签订。签订保证合同在实践中大致有下列方式：保证人与贷款人专门签订书面保证合同；保证人在借贷合同上签字或盖章表示愿意承担保证责任；保证人单独向贷款人出具书面的保证书。
(3)保证人的责任。保证可以分为一般保证和连带责任保证。
保证存续的基础是保证人对债务人的信任，因而一旦发生债务人变动时，保证人一般不再为该债务承担保证责任，如果贷款合同发生变更，又未获得保证人书面同意时，保证人也不应为此承担责任。担保法第二十四条明确了这一点。但担保法解释的一些规定已突破了这些法理，表现在：保证期间债权人与债务人对主合同的数量、价款、币种和利率等内容作了变动未经保证人同意的，如果减轻债务人的债务的，保证人仍应当对变更后的合同承担保证责任；如果加重债务人的债务的，保证人对加重的部分不承担保证责任；债权人与债务人对主合同履行期限作了变动未经保证人书面同意的，保证期间为原合同约定的或法律规定的期间，债权人与债务人协议变更主合同内容但未实际履行的，保证人仍应当承担保证责任。这说明保证债权的已成为担保法的首要价值取向，保证人对其承诺的保证义务负责，而不论合同内容是否已改变。
约定保证期间超过诉讼时效期间问题。目前法律并未限制保证期间的结束点，如果约定的保证期间长于诉讼时效期间，因债权人已对债务人失去胜诉权，再要求保证人承担保证责任，有悖于法理，但保证人的保证行为已经成立，不能因此完全免责，应当以约定不明处理。
住房抵押贷款是银行为保证贷款的，把借款人的房地产、有价证券及其他凭证，通过一定的契约合同，合法取得对借款人财产的留置权和质押权而向其提供的一种贷款。这种贷款实际上是债务人(抵押人) 在法律上把财产所有权转让给债权人 (抵押权人) 以取得贷款，这期间如果债务人不能按期偿还贷款本金和利息，债权人有权处分抵押物，并可优先受偿的贷款方式。这种贷款方式，可以减少债权人的贷款风险，为债权人收回贷款提供了有效的保证。在住房信贷中采用抵押贷款是基于银行经营资金的性、流动性和盈利性考虑的。由于这项住房贷款的借款人大都是居民个人，而借款人的资金实力和信誉程度银行不可能了解清楚，这样就增大了银行贷款的风险，而抵押贷款恰恰在贷款风险较大的情况下，为债权人提供了收回贷款的有效保证。因此，银行在对居民个人的住房贷款中，大都采用抵押贷款方式。