预付款保函除在国际工程承包项目中使用外，也适用于货物进出口、劳务合作和技术贸易等业务。例如，在成套设备及大型交通工具的合同中，通常采用带有预付性质的分期付款或延期付款支付部分价款。在这种交易中，进口人在签订合同后，向出口人开立履约保证书，由银行保证进口人按合同规定按期支付价款，同时，出口人也向对方开立还款保证书。如出口人不能按期交货，银行保证及时偿还进口人已付款项的本金及所产生的利息。
预付款保函的种类
保函种类主要有以下五种：
种是预付款保函、有称还款担保是指向受益人保证，如申请人没有按时预付款，则银行负责返还担保函规定的金额。预付担保的金额不超过承包人收到工程预付金额。
第二种是投标保函、是向受益人作出保证，在申请人报价的有效时间内，投标人不可车标、改标、更改原报价条件，应遵守其诺言，并且一旦中标后，要在规定的时间内和招标人签订合同，如果招标人违约，银行将子啊担保额度的范围内向招标人支付金额，投标人报价总额的1%-5%不等。
第三种是履约保函、是指应劳务方和申请人的要求，向工程的受益人所作出的一种保证承诺。
第四种是质量保函、是指申请人的请求，向受益人保证，在工程质量不符合合同规定，申请人又不能维修时，由农业银行按担保函规定金额赔付工程业主。该款项通常为合同价款的5%-10%。
第五种是临时进口设备再出口保函、按国际工程承包惯例，凡承包商为施工而临时进口的机械设备可免关税，但完工以后，用于施工临时进口设备必须如数再运出工程所在国。
预付款保函扣除
当申请人未能向受益人履行合约，则银行将代替申请人向受益人支付预付款，同时，申请人在银行购买的此项服务终止，预付款保函失效。
预付款保函是合同乙方保证自己收入的一种手段，这种保障手段多出现在工程中，为了保障合同双方平等，若有条件，甲方都应该先申请办理预付款保函，目的是为了在项目结束时，如果自己没有能力完成和合同约定的条款，将由银行出面，将甲方事先支付的预付款付给乙方，保证乙方的权益不受损失。当银行履行完此项业务时，预付款保函扣除。
特点
1.有效解决合同双方互不信任的问题。我行凭借自身良好的信誉，为承包方和采购方充当担保人，促进合同的顺利执行。
2.具备合同义务履行保证和合同价款支付保证作用。
3.工程承包（承建）方或供货方违约时，可通过执行预付款保函，对业主或买方进行经济补偿，并对违约方进行经济处罚，从而有效降低合同违约发生的可能性，避免为解决合同争议而诉诸仲裁或诉讼带来的成本。