保证金存在被收取者挪用的风险，而且对是否挪用难以监控。虽然法律上明文规定保证金不允许挪用，但事实上或多或少，无论是招标代理机构，还是招标人，什么有些政府交易平台，都存在一些保证金挪用的现象，如果挪用的大额保证金不能及时归还，对投标人会造成损失。
投标保函对于招标人，收取的就是一份担保文件，退还也就是退还这份文件，与财务及企业账目无关，也不存在退还利息的情况。
投标保函开具的成本并不高。鉴于投标保证金被扣除的概率不高，银行对此类保证金的条件要求其实不高，和我们理解的信贷额度还是在制度及押款比例上有相当大的区别，另外已经有一些企业通过与银行的合作，通过提供银行的信用担保等方式推出相关的金融服务，这些都会大大降低投标人的资金占压数量。
适用范围：适用于所有公开招标、议标时，业主要求投标人缴纳投标保证金的情况。招标人为避免投标人在评标过程中改标、撤标，或中标后拒签合同而给自身造成损失，通常都要求投标人缴纳投标保证金，以制约对方行为。投标保函是现金保证金的一种良好的替代形式。