事实上，净化工程有六大部分：地面系统、风道系统、自动控制系统、电气系统、供水排水系统、空气过滤系统。
接地系统：环氧树脂一般用于洁净地面。外壳结构体系：简而言之，它是构成三维封闭空间的六个面的顶部、壁和地面。具体包括门窗、装饰圆弧等；
风道系统：包括送风，回风，新风，排风管，端部和控制装置等;空调系统：包括冷水机组，管道，组合净化空调箱;
自动控制系统：包括温度控制、温度控制、风量和压力控制、开启顺序和时间控制等。
电气系统：照明、电力、弱电三部分，包括净化灯、插座、电器柜、线路、监控、电话等强、弱电气系统；
给排水系统：供水、排水管道、设施和控制装置等。
空气过滤系统：过滤器及其他净化设备：臭氧、紫外线灯、空气簇射器(包括货物簇射器)、转移窗、洁净工作台及互连锁等净化辅助设备。
净化工程可分为空气净化工程和水净化工程。空气净化是从一定空间的空气中去除微粒、有害空气和等污染物，并将室内温度、洁净度、压力、气流速度和分布、噪声振动、照明和静电控制在一定需求范围内的一门工程学科。无论外部空气条件如何变化，净化工程专门设计的房间都具有保持原设置的洁净度、温度、湿度和压力的性能。
进出无尘净化车间的管理
1、进入无尘净化车间的人员应严格要求执行人身净化制度、路线和顺序。退出无尘净化车间时，必须按如上顺序、路线进行，不允许将洁净用品带。
2、若有吹淋室，必须按规定进行吹淋后,方可进入无尘净化车间内。无尘车间设计同时，严格按照风淋室的规格和使用要求，控制每次进入风淋室风淋的人数，不允许正在风淋室强行关闭运行风机或电源。一般经过风淋，人身表面散发的灰尘粒子数减少40—60% 。
3、为不干扰室内的洁净气流型式，在作业区上流侧不应放置物品，回风口附近不要堆放物；送风孔板下不应堵塞和堆放物品，生产操作应在洁净工作台或气流的上游进行。
4、不允许将与生产无关的和容易产尘的物品带入洁净室内。
5、严禁在无尘净化车间内吸烟、饮食和进行非生产性活动。
6、进入无尘净化车间前，个人物品须放入指定的柜子，去掉化妆和首饰，换上指定的洁净服、鞋。
7、戴帽时，应将头发全部遮住，鞋套应将裤脚下摆紧紧裹在鞋套。
8、脱洁净工作服时，要避免工作服触及地面、桌子与其它物品，一般要由下至上脱去工作服，并存放在柜内或挂在规定的处所。
9、退出无尘净化车间时，在更衣区前不允许脱掉洁净工作服；脱去工作服后若再进入洁净室内，仍需按进入无尘净化车间的规定顺序进行。
10、退出洁净室时，可以不需要经过空气吹淋而进入更换区域。
实验室净化工程是除了对实验样品的起到保护的作用之外，也是为实验成功与实验人员的保驾护航的重大措施之一。实验室净化工程是将实验室某一区域开辟出来，专门用于建造有空气洁净等级的、实验环境要求相对较高的实验室或者无菌室。实验室净化工程系统与传统的洁净室系统其实是大同小异的，只不过实验室对洁净室内的压力、微生物控制及温湿度控制相对较工业洁净室要严格。常见的实验室净化工程装修材料有夹心彩钢板、钢化玻璃、防火板等，洁净实验室必须按照《洁净室施工与验收标准》采用可以较好的密封并且不产尘的材料进行隔断、吊顶装修，洁净实验室通风系统一般采用组合式空调机组，其送风系统与各业洁净室工程不同的地方是，不是所有实验室都可以设置回风系统的，这需要根据用户实验室的用途以及实验产品而定。类似于生物类实验室就不可以做回风系统，或者说要以全排式洁净室的做法来施工。
实验室净化工程等级设计也很关键，一般的无菌室实验室洁净度等级都是万级，一般普通实验室则大范围十万级~万级的布局设计。生物实验室、阳性对照实验室以及微生物培养实验室则需按照静态百级的洁净室标准进行设计、施工。
进出无尘净化车间的管理 1、进入无尘净化车间的人员应严格要求执行人身净化制度、路线和顺序。退出无尘净化车间时，必须按如上顺序、路线进行，不允许将洁净用品带。 2、若有吹淋室，必须按规定进行吹淋后,方可进入无尘净化车间内。无尘车间设计同时，严格按照风淋室的规格和使用要求，控制每次进入风淋室风淋的人数，不允许正在风淋室强行关闭运行风机或电源。一般经过风淋，人身表面散发的灰尘粒子数减少40—60% 。 3、为不干扰室内的洁净气流型式，在作业区上流侧不应放置物品，回风口附近不要堆放物；送风孔板下不应堵塞和堆放物品，生产操作应在洁净工作台或气流的上游进行。 4、不允许将与生产无关的和容易产尘的物品带入洁净室内。 5、严禁在无尘净化车间内吸烟、饮食和进行非生产性活动。 6、进入无尘净化车间前，个人物品须放入指定的柜子，去掉化妆和首饰，换上指定的洁净服、鞋。 7、戴帽时，应将头发全部遮住，鞋套应将裤脚下摆紧紧裹在鞋套。 8、脱洁净工作服时，要避免工作服触及地面、桌子与其它物品，一般要由下至上脱去工作服，并存放在柜内或挂在规定的处所。 9、退出无尘净化车间时，在更衣区前不允许脱掉洁净工作服；脱去工作服后若再进入洁净室内，仍需按进入无尘净化车间的规定顺序进行。 10、退出洁净室时，可以不需要经过空气吹淋而进入更换区域。