履约保证金收取标准应该遵循几个原则：
一是履约保证金的数目要大于合同预付款数目，以规避可能存在的风险；
二是履约保证金的数目要与投标保证金持平或稍高，技术含量高、不能准时履约将会给采购人带来巨大损失的项目，要适当提高履约保证金数额；
三是履约保证金数额的确定要与合同付款条件联系起来，初步设想两者之间应该成反比关系，即分阶段付款条件对供应商有利时，履约保证金应该多收，反之则少收。
、质量保证金，施工单位已将工程全部完工，理应工程款全部结清，但是由于工程还没有经过使用，验收时只能从外表检查，工程的质量标准是否达到设计要求，还需要时间的验证，为此建设单位用应付工程款，按一定的比例暂留，待保修期满，为发生质量问题，全部付给施工单位。
选择有利的工程履约保函条款
承包人在不得不提供履约保函的情况下，应该争取有利的保函条款。在实践中，有以下要点需要注意：
，保函的有限期应为闭口形式，具体可约定为竣工之日或监理工程师签发解除缺陷责任证书后的一个固定时间。
第二，索赔条款应约定发包人的书面索赔与担保人付款之间有一定的间隔时间，以使承包人有足够的时间与发包人谈判，将争端解决在担保人赔付之前。
第三，在征得发包人认可的基础上，履约保函的数额可随工程进度的完成而递减，担保人在保函该减额时应及时提醒承包人办理减额手续，一旦出现赔付，赔付的总金额不得超过担保额。
第四，其他约定。如可约定在监理工程师颁发工程移交证书后，发包人同意用维修保函来代替履约保函;发包人不得将保函转让给第三方等等。
反担保和担保其实是同一个法律概念，都是担保，只是针对不同对象来说的。甲在履约保函中为乙担保，但又不放心乙，要求乙为甲的担保提供一个担保，这就是反担保。一般反担保为乙公司法人或者股东，提供个人财产：独立产权的房产证，车辆行驶证。一般条件下，反担保担保金额不超过甲方担保金额的百分之50%，提供即可。
履约保函：由担保人为施工方（申请人）向业主（受益人）提供的，保证施工方履行工程建设合同责任和义务，承包商不履行合同的，业主可要求保证人在保函金额内承担保证责任。保证人在承担保证责任后，可依法向承包商追偿。履约保函也可以适用于分包合同、材料设备供货合同的履行。一般是在签订合同时要做的事。简而言之是为了防止施工单位或供货商不按合同约定履行义务。担保的时间往往要贯穿整个项目，比较长。
预付款保函：预付款保证担保是指由保证人为施工方向业主提供的，保证人对施工方履行扣还预付款义务的保证。以防止施工方在收到业主的预付款后将款项挪作他用或宣布破产等。当施工方在规定的时间内还清预付款项后，业主就需退还预付款保函。一般是在业主拿出预付款的时间段需要做的事，其实为了防止施工单位或供货商拿了预付款就跑路的事情发生。担保的时间往往不长，一般30-90天。
两者的适用范围都非常广泛，政府采招项目，大型房地产公司的招标项目，铁路物资招标项目、南方电网、国家电网的招标项目、中国移动、联通等都会明确要求必须提供此类保函，以保证项目的规范性。
广义上履约保函包括了履约保函、预付款保函、质量保修保函等，预付款保函其实是一种特殊形式的履约保函。 有时候一个项目中只要求提供一个履约保函。而不需要预付款保函，因为有的项目就没有预付款，有时候会要求履约、预付款保函同时开具，具体情况须当以实际项目而定。