履约保函和预付款保函现在使用的非常广泛，政府采招项目，大型房地产公司的招标项目，铁路物资招标项目、国家电网的招标项目等都会明确要求必须提供此类保函，以保证项目的规范性。那么履约保函与预付款保函这两者之间有什么样的区别呢？
1、履约保函广义上包括了履约保函、预付款保函、质量保修保函等，预付款保函其实是一种特殊形式的履约保函。 有时候一个项目中只要求提供一个履约保函。而不需要预付款保函，因为有的项目就没有预付款，有时候会要求履约、预付款保函同时开具，具体情况须当以实际项目而定。是为了保证中标单位如约履行工程合同的内容。
2、预付款保函是保证在甲方支付了预付款之后能收到合同约定的效果，也即在甲方支付了预付款之后如乙方没有履行合同，银行则将预付款保函的相应押金交还给甲方作为损失补偿。
3、预付款的保函和履约保函一样需要付押金，但是预付款保函却不像履约保函那样一定要到工程全部建设结束，合同内容履行完毕之后才退还给你。通常是约定保证预付款用在合同上就可以退还了。只是在工程建设前期冻结在银行，后面就解冻了。
银行预付款保函办理费用：
银行预付款保函一般按照中标通知书百分之10到百分之30担保，具体担保比例根据业主方要求。根据招标文件格式要求，银行预付款保函是否要求基本户开保函，保函格式（一般责任、连带责任、无条件赔付独立保函），是否特殊项目（采购供货类保函、质量保修保函、民工工资保函、境外项目、劳务分包项目、售电保函、PPP融资项目都属于特殊保函）价格相差较大，大概费用一般为担保金额的1.6%-2.5%每年，具体费用提供招标文件、中标通知书、建筑资质、营业执照后确定。预付款保函免抵押，审批容易，无需开户，可全国办理。
预付款保函，其实是履约保函的一种，名称特指预付款而已；有些工程，甲方会预先支付施工单位的开工预付款，但是担心施工单位拿钱不办事，甚至卷款而逃，此时就需要提供预付款保函对甲方的利益进行保障。
预付款保证担保是指由保证人为施工方向业主提供的，保证人对施工方履行扣还预付款义务的保证。以防止施工方在收到业主的预付款后将款项挪作他用或宣布破产等。当施工方在规定的时间内还清预付款项后，业主就需退还预付款保函。
预付款保函的作用作用：担保人向业主开具预付款保函后，业主才能根据合同规定，按合同总价的10%～15%（具体按照双方协议）预付给承包人，以便中标人购买有关设备材料等。其责任主要是承包商应在规定的期限内偿还预付款。预付款保函的期限由双方共同商定。预付款一般逐月按工程进度从工程支付款中扣还，而预付款保函的金额将逐月地相应减少，开具保函时应注意写明。预付款是有正反作用的，好的一面是，当施工单位拿到预付款，会更积极的开展工作，而且由于不垫资，不存在资金断裂的风险，从而更保障工程的顺利建设；坏的一面是，如果施工单位心态不好，觉得反正钱已经进口袋了，做事就开始变形，拖拖拉拉甚至找理由要更多的钱。
总结：预付款保函就是甲方为了防止乙方拿了预付款不干活而找银行做出的一种担保，一旦乙方违约，甲方就可以拿着预付款保函找银行赔偿。
预付款保函扣除
当申请人未能向受益人履行合约，则银行将代替申请人向受益人支付预付款，同时，申请人在银行购买的此项服务终止，预付款保函失效。
预付款保函是合同乙方保证自己收入的一种手段，这种保障手段多出现在工程中，为了保障合同双方平等，若有条件，甲方都应该先申请办理预付款保函，目的是为了在项目结束时，如果自己没有能力完成和合同约定的条款，将由银行出面，将甲方事先支付的预付款付给乙方，保证乙方的权益不受损失。当银行履行完此项业务时，预付款保函扣除。