除了箱内衬以防水材料外，还要为排水和通风在底板上设置间隙或者开孔。相邻底板之间所留间隙的尺寸为0.5-1cm,开孔要开2个，并钉上百叶窗其位置要避开内装物。除了这些办法还有另外一些方法。
1、使用干燥剂也可以防水，木包装箱为了避免被包装产品容易受潮吸收水分，可以在包装木箱内放一些干燥剂，然后吸收封装的时候带入包装内的水分，然后令湿度保持在一定的范围内。。
2、使用循环干燥还有冷凝去湿防湿可以防水，木包装箱经过对被控空间湿度连续地或者间断地检测跟控制，让被控空间的湿度保持在一定范围内，完成对物资器材干燥封存的任务。
3、使用真空包装也可以防水，经过密封的包装木箱内抽真空的方式，完成防水的目的。